尿分叉的治疗需根据不同成因来定。如果是生理性尿分叉，比如男性晨起后偶尔出现，一般无需特殊治疗，注意保持良好生活习惯即可。但若是病理性尿分叉，就要针对性处理。
因尿道炎症引起的治疗
尿道炎导致的尿分叉： 如果是细菌感染引起的尿道炎，可使用抗生素治疗。一般来说，常用的抗生素有左氧氟沙星等，它能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而起到杀菌作用。非淋菌性尿道炎导致的尿分叉： 由支原体、衣原体感染引起的非淋菌性尿道炎，可选用阿奇霉素，它能与细菌核糖体50S亚基结合，抑制细菌蛋白质合成，达到抗菌效果。
因前列腺问题引起的治疗
前列腺炎导致的尿分叉： 细菌性前列腺炎可使用环丙沙星等药物，环丙沙星能干扰细菌DNA合成，抑制细菌生长繁殖。前列腺增生导致的尿分叉： 对于前列腺增生引起的尿分叉，可使用α受体阻滞剂，如坦索罗辛，它能阻断前列腺和膀胱颈部平滑肌表面的α₁受体，松弛平滑肌，改善排尿困难症状。
因尿道结石引起的治疗
较小尿道结石导致的尿分叉： 对于直径小于0.6厘米的尿道结石，可通过大量饮水，每天保证尿量在2000毫升以上，多运动，如跳绳等，促进结石自行排出。较大尿道结石导致的尿分叉： 如果结石较大，可能需要进行手术治疗，如尿道镜下取石术等。
因先天性尿道畸形引起的治疗
先天性尿道瓣膜导致的尿分叉： 一般需要通过手术矫正尿道瓣膜，恢复尿道正常结构和排尿功能。先天性尿道狭窄导致的尿分叉： 轻度的先天性尿道狭窄可通过尿道扩张术来治疗，定期进行尿道扩张，逐渐扩大尿道口径；严重的先天性尿道狭窄则需要手术整形，重建尿道。