尿分叉的治疗需根据不同成因来定。如果是偶尔出现的生理性尿分叉，一般无需特殊治疗，注意观察即可。但如果是病理性因素导致的尿分叉，就要针对性处理。
因尿道口暂时堵塞导致的情况
精液残留引起：男性射精后，尿道里可能会有少量精液残留，短时间内可能造成尿分叉。这种情况通常不需要用药，一般几个小时后精液吸收或排出，尿分叉现象就会消失。憋尿后出现：长时间憋尿后，膀胱内压力较大，排尿时尿液冲击力可能使尿道口形态改变，出现尿分叉。此时尽快排尿，让膀胱恢复正常压力，尿分叉大多能缓解。
泌尿系统炎症导致的情况
尿道炎引发：尿道炎会使尿道黏膜充血、水肿，甚至产生分泌物，影响尿液排出，造成尿分叉。一般需要使用抗生素治疗，比如常见的左氧氟沙星等，不过具体用药需遵医嘱。前列腺炎导致：前列腺炎患者前列腺充血肿胀，会压迫尿道，引起尿分叉。治疗上可以采用α受体阻滞剂改善排尿症状，像坦索罗辛等药物有一定作用，但要在医生指导下使用。
结石或增生等器质性病变导致的情况
尿道结石引起：尿道内有结石会阻碍尿液通畅，导致尿分叉。如果结石较小，可通过大量饮水、多运动促进排出；若结石较大，可能需要进行手术取石。前列腺增生导致：多见于中老年男性，前列腺增生会压迫尿道，造成尿分叉。轻度增生可使用5α - 还原酶抑制剂等药物缓解症状，严重的增生可能需要手术治疗。