宝宝身材矮小的原因有多种。其中遗传因素是常见原因之一，如果父母双方身高都偏矮，那么宝宝遗传矮小的概率相对较高。一般来说，父母身高较矮，宝宝身高低于同年龄、同性别正常儿童平均身高的3个标准差以下，就可能属于遗传因素导致的身材矮小。
疾病因素导致
内分泌疾病： 如生长激素缺乏症，这是由于垂体分泌生长激素不足引起的。患儿除了身材矮小外，还可能伴有骨骼发育落后等表现。甲状腺功能减退症也会影响宝宝的生长发育，甲状腺激素分泌不足会导致宝宝代谢缓慢，生长速度减慢。染色体异常： 像特纳综合征，主要发生在女孩身上，染色体存在异常，除了身材矮小外，还可能有特殊面容、颈蹼等表现。
营养因素导致
营养不良： 如果宝宝长期饮食不均衡，摄入的蛋白质、能量等营养物质不足，会影响身体的正常生长发育。例如，蛋白质是身体细胞的重要组成部分，长期缺乏会导致生长迟缓。另外，维生素D缺乏也会影响钙的吸收，进而影响骨骼的发育，导致身材矮小。宝宝每天需要保证摄入足够的奶制品来获取钙等营养物质，一般1 - 3岁的宝宝每天建议摄入350 - 500毫升奶制品。营养过剩： 部分宝宝如果过度肥胖，可能会出现性早熟的情况，而性早熟会导致骨骺过早闭合，影响最终身高。比如一些经常吃高热量、高脂肪食物的宝宝，就容易出现这种问题。
其他因素导致
睡眠因素： 生长激素在夜间睡眠时分泌旺盛，如果宝宝长期睡眠不足，会影响生长激素的分泌，从而影响身高增长。一般婴幼儿每天需要保证12 - 16小时的睡眠时间，学龄前期儿童需要11 - 13小时睡眠时间，学龄儿童需要10小时左右睡眠时间。运动因素： 适当的运动可以促进骨骼生长和血液循环，有利于身高增长。如果宝宝长期缺乏运动，身体的代谢和生长发育都会受到一定影响。例如，经常参加户外活动、进行跳跃、跑步等运动的宝宝，身高增长往往相对较好。