孕六周有褐色分泌物，可能由子宫内膜脱落、妇科炎症感染、宫外孕、先兆流产、胚胎停育等导致。具体如下：
一、孕囊着床出血：孕囊在着床早期可能会使子宫内膜血管破裂，从而出现少量阴道流血，若血液排出较慢，就可能表现为有褐色分泌物。一般怀孕三个月后，随着孕激素水平稳定，出血现象会逐渐停止，褐色分泌物也通常不会再出现。
二、妇科炎症感染：
1.若孕妇患有盆腔炎、阴道炎、宫颈炎等妇科炎症感染病症，会有褐色分泌物出现。
2.(1)此时的分泌物可能还伴有异味。
(2)需及时到医院检查，在医生指导下使用如甲硝唑、制霉菌素等药物进行治疗。
三、宫外孕：宫外孕可导致阴道出血，褐色分泌物可能就是出血导致。孕妇可到医院进行B超检查以判断是否为宫外孕，若是宫外孕要听从医生建议尽早停止妊娠。
四、先兆流产：
1.孕六周出现褐色分泌物还有可能是先兆流产引起。
2.(1)孕妇可进行孕酮检查，若孕酮较低，可能是先兆流产。
(2)可在医生指导下服用黄体酮、地屈孕酮等药物进行治疗。
五、胚胎停育：胚胎发育不良，无胚芽和心管搏动即诊断为胚胎停育。这类患者常有腹痛或阴道少量流血，颜色可为鲜红或暗红。一旦确诊胚胎停育，应及时进行人工流产手术。
总之，孕六周出现褐色分泌物的原因多样，需要根据具体情况进行分析和处理。孕妇应及时就医，以便明确原因并采取相应的措施。