怀孕六周处于早孕期，此时胚胎未成熟，若有褐色分泌物流出，可能由以下原因导致：
一、宫外孕：怀孕后若未做彩色多普勒超声检查，出现褐色分泌物且伴腹痛，不能排除宫外孕。需前往正规医院进行血HCG及彩色多普勒超声检查来排除。
1.宫外孕的典型症状除了异常出血，还可能有腹痛等。
2.彩色多普勒超声检查可帮助明确孕囊位置等情况。
二、先兆流产：发生先兆流产时会有褐色分泌物，可能伴有腹痛。
1.需进行彩色多普勒超声检查，查看孕囊形态、张力、结构及位置是否正常，同时抽血化验激素水平。
2.专业医生会根据检查结果决定治疗方式。
三、胚胎停育：部分胚胎停育会有褐色分泌物流出症状。
1.应进行彩色多普勒超声检查，若不能确诊，需在5-7天后复查彩色多普勒超声和血HCG以判断。
2.确诊胚胎停育后，应在正规医院由专业医生指导选择药物流产或手术终止妊娠。
四、宫颈疾病：孕妇若有宫颈糜烂或宫颈息肉，可引起出血而出现类似褐色分泌物。
1.应前往正规医院进行宫颈相关检查。
2.明确具体情况后可根据病情采取相应治疗措施。
总之，怀孕六周出现褐色分泌物应引起重视，及时就医，通过相关检查明确原因，并在医生指导下进行针对性处理。