怀孕六周处于早孕期，此时胚胎还未成熟，若出现褐色分泌物流出，可能是以下原因导致：
一、宫外孕：
1.若怀孕后未进行彩色多普勒超声检查，有褐色分泌物流出且伴腹痛症状，就不能排除宫外孕。
2.需前往正规医院进行血HCG及彩色多普勒超声检查来排除。
二、先兆流产：
1.发生先兆流产会有褐色分泌物流出，可能伴有腹痛。
2.应到正规医院进行彩色多普勒超声检查，明确孕囊形态、张力、结构及位置是否正常，并抽血化验激素水平，由专业医生决定治疗方式。
三、胚胎停育：
1.部分胚胎停育情况会有褐色分泌物流出症状。
2.应到正规医院进行彩色多普勒超声检查，若此时不能确诊，应在5-7天后复查彩色多普勒超声检查和血HCG情况以判断是否胚胎停育。若发生胚胎停育，应在正规医院由专业医生指导进行药物流产或手术终止妊娠。
四、宫颈疾病：
1.孕妇若有宫颈糜烂或宫颈息肉，可导致出血而流出类似褐色分泌物。
2.应到正规医院进行宫颈相关检查。
总结：怀孕六周出现褐色分泌物可能是多种原因引起，包括宫外孕、先兆流产、胚胎停育、宫颈疾病等，需要通过相关检查明确原因，并在专业医生指导下进行相应处理。