女性不排卵的原因有多种。一般来说，下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能异常等是常见因素，大约有15% - 20%的女性不孕是因为排卵障碍导致的。
内分泌失调因素
垂体问题： 垂体肿瘤会影响促性腺激素的分泌，从而干扰排卵。例如垂体泌乳素瘤，会使泌乳素水平升高，抑制排卵。下丘脑因素： 下丘脑功能紊乱，如精神紧张、过度节食等，可能影响促性腺激素释放激素的分泌，进而导致不排卵。长期节食的女性，体重过低，会影响激素正常分泌，引发排卵问题。
卵巢自身病变
多囊卵巢综合征： 这是导致女性不排卵很常见的原因。约70%的多囊卵巢综合征患者存在排卵障碍。患者体内雄激素水平升高，卵巢内有多个小卵泡，但难以发育成熟排卵。卵巢早衰： 女性在40岁以前出现卵巢功能减退称为卵巢早衰，此时卵巢逐渐丧失排卵功能。据统计，卵巢早衰的发病率约为1% - 3%。
其他全身性疾病
甲状腺功能异常： 甲状腺功能亢进或减退都会影响排卵。甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，会干扰下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节；甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，也会影响激素平衡，导致不排卵。慢性疾病： 像重度营养不良、慢性肝炎、糖尿病等慢性疾病，会影响机体的正常代谢，进而影响卵巢的排卵功能。例如重度营养不良的女性，身体缺乏必要的营养物质来维持正常的生殖内分泌功能。