憋尿小肚子疼主要有以下三种原因：
一、膀胱过度充盈：由于尿液过多，膀胱过度充盈后会使膀胱的逼尿肌收缩，从而导致间歇性疼痛。平时切不可憋尿，因为长期憋尿容易造成膀胱肌肉的不协调，长此以往会致使膀胱收缩力减弱，还会引发尿路感染、膀胱炎等相关疾病。
二、泌尿系统感染：憋尿小肚子疼可能是泌尿系统感染引起的，比如尿道炎、膀胱炎等病症。患者可通过多饮用温热水来缓解疼痛症状，也可配合服用头孢克肟、阿莫西林等消炎药物进行治疗。倘若疼痛症状较为严重，则要到正规医院的泌尿科进行检查，通过中段尿培养找到致病微生物。患者可在医生指导下选择有效的抗生素（如左氧氟沙星片、西他沙星、头孢克洛等）来治疗。经过治疗后，多数患者憋尿肚子疼的症状会显著好转，但患者在治疗期间不可饮酒、不可同房。
三、泌尿系统结石：当泌尿系统存在结石时也会伴有憋尿时腹痛的情况。泌尿系统结石的治疗主要以手术治疗为主，包含钬激光碎石术、输尿管镜取石术、经皮肾镜取石术等微创手术，这类手术已十分成熟，且临床效果良好。对于体积较小的结石，还可行体外冲击波碎石术和药物排石等治疗方法，具体选择应咨询专科医师并进行具体评估。
总结概况提示：憋尿小肚子疼的原因包括膀胱过度充盈、泌尿系统感染和泌尿系统结石。针对不同原因有相应的应对方法和治疗手段，患者应根据具体情况及时就医并遵循医生建议进行治疗和处理。