念珠菌感染的治疗需根据感染部位等情况选择合适方法，一般可以通过药物等方式治疗，通常使用抗真菌药物等有较好效果。
常用抗真菌药物
唑类药物： 比如克霉唑，可用于局部念珠菌感染，能抑制念珠菌细胞膜麦角固醇的合成，起到抗真菌作用。还有酮康唑，属于广谱抗真菌药，但口服时要注意可能对肝脏有一定影响，需监测肝功能。棘白菌素类： 如卡泊芬净，通过抑制真菌细胞壁葡聚糖的合成发挥杀菌作用，对于一些重度念珠菌感染有较好疗效，静脉给药。
局部感染的处理
皮肤念珠菌感染： 如果是皮肤表面的念珠菌感染，可先清洁感染部位，保持干燥，然后外用抗真菌药膏，像硝酸咪康唑乳膏，涂抹在感染皮肤处，一天使用数次，一般连续使用数天能看到效果，但要坚持用药至症状消失后再巩固几天，防止复发。口腔念珠菌感染： 对于口腔念珠菌感染，儿童常见的鹅口疮，可使用碳酸氢钠溶液清洁口腔，然后局部涂抹制霉菌素混悬液，制霉菌素能与真菌细胞膜上的甾醇结合，影响细胞膜通透性，从而发挥抗真菌作用，每天涂抹几次，要按疗程使用。
全身念珠菌感染的情况
重度全身感染： 当出现重度全身念珠菌感染时，多需要静脉使用抗真菌药物，治疗周期相对较长，可能需要数周甚至更长时间，治疗过程中要密切监测患者的肝肾功能等指标，因为一些抗真菌药物可能对肝肾功能有影响。而且要根据患者的具体病情调整用药方案，比如根据念珠菌的药敏结果来选择更合适的药物。
特殊人群的注意事项
免疫力低下人群： 像艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的人发生念珠菌感染时，治疗可能更复杂，需要在治疗念珠菌感染的同时，积极治疗基础疾病，调整免疫抑制剂的使用等情况，并且要加强营养支持等。孕妇念珠菌感染： 孕妇发生念珠菌感染时，用药要谨慎，一般优先选择局部用药，避免使用对胎儿有影响的药物，需在医生的指导下选择相对安全的抗真菌药物进行局部治疗，同时要注意个人卫生，保持会阴部清洁干燥等。