女性阴囊的毛根下有小疙瘩，可能是以下原因引起：
1.正常的生理结构：阴囊上有阴毛，其毛根下可能会有一些小疙瘩，这是正常的毛囊，不需要特殊处理。
2.皮脂腺异位症：皮脂腺异位症是一种皮脂腺疾病，可能会导致阴囊上出现黄色或白色的小疙瘩，通常没有不适症状。
3.传染性软疣：传染性软疣是由传染性软疣病毒感染引起的，可通过直接接触或间接接触传播。传染性软疣可表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。
4.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的，主要通过性接触传播。尖锐湿疣可表现为外生殖器及肛门周围的赘生物，可逐渐增大、增多，呈菜花状或乳头状。
5.阴囊湿疹：阴囊湿疹是一种过敏性皮肤病，可导致阴囊皮肤出现红斑、丘疹、水疱、渗出、结痂、脱屑等症状，伴有瘙痒。
6.其他：阴囊上的小疙瘩还可能是皮脂腺囊肿、脂肪瘤、表皮样囊肿等疾病引起。
如果女性发现阴囊上有小疙瘩，应及时就医，明确诊断。如果是正常的生理结构或皮脂腺异位症，通常不需要治疗。如果是传染性软疣、尖锐湿疣、阴囊湿疹等疾病，需要根据具体情况进行治疗。在治疗期间，应注意保持局部清洁，避免搔抓，以免引起感染。同时，应避免食用辛辣、刺激性食物，避免饮酒。