直肠脱垂的治疗需根据病情严重程度等因素来定。一般来说，轻度直肠脱垂可通过非手术方式改善，中重度可能需要手术治疗。
非手术治疗方法
一般治疗：
儿童直肠脱垂： 多数儿童直肠脱垂可在5岁前自愈，所以要注意养成良好排便习惯，避免长时间蹲便，排便时间控制在5分钟内为宜。比如小儿排便后应及时复位，然后卧床休息。成人轻度脱垂： 可通过盆底肌锻炼来改善。每天进行提肛运动，每次收缩肛门3秒以上，然后放松，重复进行，每次15 - 20分钟，每天3 - 4次。同时，要积极治疗咳嗽、便秘等增加腹压的疾病。
药物治疗：
硬化剂注射： 对于成人早期直肠脱垂可采用硬化剂注射治疗。常用的硬化剂有5%石炭酸植物油等。通过将硬化剂注射到直肠黏膜下或直肠周围，使黏膜与肌层粘连，直肠与周围组织粘连固定。但注射时要注意避免并发症，如感染、坏死等。
手术治疗方式
经腹手术：
直肠悬吊固定术： 适用于成人完全性直肠脱垂。手术是将直肠向上悬吊并固定在骶骨前筋膜上，可采用经腹的方式进行。这种手术能从根本上解决直肠脱垂的问题，但手术有一定风险，如出血、感染等，术后需要较长时间恢复，一般需要住院1 - 2周。直肠前切除术： 对于伴有直肠黏膜内脱垂的患者，可能会采用直肠前切除术。该手术需要切除部分过长的直肠黏膜，以改善脱垂情况。不过手术操作相对复杂，术后需要密切观察恢复情况，饮食上要注意先从流质饮食开始逐渐过渡到正常饮食。
经会阴手术：
肛门环缩术： 适用于年老体弱或不能耐受经腹手术的患者。手术是将硅胶环或钢丝等置入肛门周围，缩小肛门，起到固定直肠的作用。但这种手术复发率相对较高，一般在30%左右。术后要注意保持肛门周围清洁，避免感染，同时要定期复查，观察直肠脱垂情况是否有改善。