直肠脱垂的治疗方式需根据病情严重程度等因素来定。一般来说，对于轻度直肠脱垂，可先尝试非手术治疗等方法。
非手术治疗为主的情况
一般治疗： 对于儿童直肠脱垂，多数可在5岁前自愈，所以以保守治疗为主。要让患儿养成良好的排便习惯，缩短排便时间，一般控制在5分钟以内。同时，可让患儿进行提肛锻炼，每天练习3 - 4次，每次10 - 15下，有助于增强肛门括约肌功能。药物治疗： 对于成人轻度直肠脱垂，可使用硬化剂注射治疗。常用的硬化剂有5%苯酚植物油等。通过将硬化剂注射到直肠黏膜下或直肠周围，使直肠与周围组织粘连固定。但注射时要注意避免并发症，如坏死、感染等。
手术治疗的情况
经腹手术： 适用于成人完全性直肠脱垂。如直肠悬吊固定术，通过将直肠固定在骶骨前筋膜上，防止脱垂复发。手术需要在全身麻醉下进行，术后患者需要卧床休息一段时间，一般建议卧床2 - 3天，之后逐渐恢复活动。经会阴手术： 对于年老体弱不能耐受经腹手术的患者，可考虑经会阴手术。例如直肠黏膜环切术，通过切除部分直肠黏膜，缩小脱垂的直肠。但该手术复发率相对经腹手术稍高一些。
不同人群的治疗差异
儿童直肠脱垂： 由于儿童身体处于生长发育阶段，多数可随生长自愈，所以主要以保守治疗为主，如上述的排便习惯调整和提肛锻炼等，一般不轻易进行手术。成人直肠脱垂： 对于轻度的成人直肠脱垂，可先尝试硬化剂注射等非手术方法；而对于重度的成人直肠脱垂，往往需要考虑手术治疗，具体手术方式需根据患者的具体病情、身体状况等由医生综合判断选择。