斑秃的发生原因较为复杂，目前认为主要与自身免疫、遗传因素以及神经精神因素等有关。约25%的斑秃患者有家族史，自身免疫因素方面，人体免疫系统错误地攻击毛囊，导致毛发脱落；神经精神因素中，长期的焦虑、紧张、压力大等可能诱发斑秃，有研究显示，约1/3的患者在发病前有精神创伤等应激事件。
遗传因素相关
遗传易感性： 遗传在斑秃发病中起重要作用，若家族中有斑秃患者，其亲属发病风险比普通人高。据统计，约25%的斑秃患者有家族遗传背景，若父母一方患有斑秃，子女患病几率会比无家族史者高一些。基因关联： 已发现一些基因与斑秃发病相关，比如白细胞介素相关基因等，这些基因的异常可能影响毛囊的正常生长周期，增加斑秃发生的可能性。
自身免疫因素影响
免疫系统攻击毛囊： 自身免疫系统紊乱时，机体的免疫系统会把毛囊当成外来异物进行攻击，导致毛囊受损，毛发无法正常生长，从而出现斑秃。例如，在斑秃患者的头皮组织中，能检测到淋巴细胞浸润毛囊周围，这些免疫细胞会释放炎症因子等，破坏毛囊结构。与其他自身免疫性疾病关联： 斑秃常与其他自身免疫性疾病并存，像甲状腺疾病、白癜风等。约有5% - 10%的斑秃患者会合并甲状腺功能亢进或减退等甲状腺疾病，这表明自身免疫相关的系统异常在斑秃发病中相互影响。
神经精神因素诱发
精神压力过大： 长期处于高压力状态下，人体神经内分泌系统会发生变化，影响毛囊的血液供应和毛发的生长周期。比如长期熬夜、工作学习压力巨大的人群，更容易出现斑秃。有调查发现，在长期高强度工作的人群中，斑秃的发生率比工作压力较小的人群高出约20%。情绪急剧变化： 突然遭受重大精神打击，如亲人离世、婚姻变故等，会导致机体神经功能失调，影响毛囊的营养供应和生长，从而引发斑秃。短时间内情绪的剧烈波动可能在几周或几个月内就诱发斑秃症状。