肝血管瘤的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与以下因素有关。首先是先天性发育异常，在胚胎发育过程中，血管发育出现异常，导致血管内皮细胞异常增殖，从而形成肝血管瘤，这种情况从胚胎时期就开始发生。
先天性发育异常相关
血管内皮细胞异常增殖： 在胚胎发育阶段，负责血管形成的相关基因出现突变等情况，使得肝内的血管内皮细胞过度增殖，逐渐聚集形成肝血管瘤。研究发现，这种先天性的基因层面的异常是导致肝血管瘤发生的一个重要内在因素。血管形成调控机制异常： 正常情况下，血管的形成受到多种调控机制的精细调节，而在肝血管瘤患者中，这些调控机制出现紊乱。例如，一些促进血管生成的因子和抑制血管生成的因子之间的平衡被打破，促进血管生成的因子相对占优势，使得血管不断增生形成瘤体。
激素影响方面
女性激素的作用： 临床观察发现，肝血管瘤在女性中的发病率相对较高，尤其是在青春期、孕期等女性激素水平变化较大的时期，肝血管瘤可能会增大。这提示女性激素可能对肝血管瘤的发生发展有一定影响。女性体内的雌激素等激素可能会刺激肝内的血管内皮细胞，导致其增殖，从而促进肝血管瘤的形成。雌激素相关信号通路： 雌激素可以通过与肝内血管内皮细胞上的雌激素受体结合，激活相关信号通路，影响细胞的增殖、分化等过程。有研究表明，雌激素相关信号通路的异常激活可能是女性肝血管瘤发病率较高的原因之一。
其他可能因素
肝血管感染： 有观点认为，在婴儿时期如果肝脏受到某些病毒等病原体感染，可能会引起血管的炎性反应，进而导致血管的异常增生。例如，一些研究发现，部分肝血管瘤患儿在发病前有过肝脏感染的病史，感染可能破坏了血管的正常结构和功能，促使血管内皮细胞异常增殖形成血管瘤。肝局部坏死后的血管反应： 当肝脏局部发生坏死等病变时，机体可能会启动修复机制，在修复过程中可能会导致血管的异常再生。如果这个修复过程出现异常，就可能形成肝血管瘤。比如，肝脏受到外伤后局部坏死，在修复过程中血管再生紊乱，从而形成肝内的血管瘤样结构。