治疗扁平疣有多种方法，其中药物治疗是常见方式之一。比如外用药物中，维A酸类药物可起到一定作用，但具体效果因人而异。
外用药物治疗
维A酸类药膏： 像维A酸乳膏等，能调节细胞分化，对扁平疣有一定治疗作用。不过使用时要注意，可能会有局部刺激反应，如皮肤发红、脱屑等，一般建议在晚上睡前少量涂抹于患处。干扰素凝胶： 具有抗病毒作用，可通过抑制病毒复制来帮助改善扁平疣状况。使用时要清洁皮肤后均匀涂抹在疣体上，可能需要连续使用数周才能见到明显效果。
物理治疗方法
冷冻治疗： 是利用低温使疣体坏死脱落。一般经过1 - 2次冷冻治疗，部分患者的扁平疣可消退。但冷冻后局部可能会出现水疱、疼痛等反应，要注意保持局部清洁，避免感染。激光治疗： 利用激光的能量烧灼疣体，使其去除。激光治疗相对快捷，不过术后要注意创面护理，防止感染，且可能会有一定的色素沉着风险，尤其是肤色较深的人群。
自身免疫调节相关方法
提高免疫力： 身体健康、免疫力正常的人相对更有利于扁平疣的恢复。平时要保证充足的睡眠，一般建议成年人每天睡眠7 - 8小时左右，同时要均衡饮食，多摄入富含维生素、蛋白质等营养物质的食物，如新鲜蔬菜、水果、瘦肉、鱼类等。避免搔抓： 扁平疣患者要尽量避免搔抓疣体，因为搔抓可能会导致病毒接种到其他部位，引起疣体增多。要注意个人卫生，保持皮肤清洁，但不要过度刺激扁平疣部位。