肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中以大肠埃希菌最为常见，约占60%~80%。
感染途径之一：上行感染
尿道细菌入侵： 细菌从尿道上行进入膀胱，然后沿输尿管蔓延至肾脏，从而引发肾盂肾炎。比如女性的尿道较短且直，距离肛门较近，更容易让细菌侵入，据统计，约有50%的女性在一生中会至少发生一次上行感染导致的肾盂肾炎。膀胱输尿管反流： 当存在膀胱输尿管反流时，尿液会从膀胱逆流回输尿管甚至肾脏，使得细菌更容易在肾脏定植，增加肾盂肾炎的发病风险。
感染途径之二：血行感染
细菌通过血液传播： 身体其他部位的感染病灶中的细菌，可通过血液循环到达肾脏引起肾盂肾炎。例如皮肤感染、疖肿、扁桃体炎等，细菌可随血流到达肾脏。这种情况相对上行感染来说发生率较低，但也不容忽视。
易感因素影响
尿路梗阻： 如尿路结石、前列腺增生、先天性尿路畸形等，会导致尿液排出不畅，尿液潴留，为细菌生长繁殖提供了有利条件，从而容易引发肾盂肾炎。据临床统计，约有1/3的肾盂肾炎患者存在尿路梗阻的情况。机体免疫力低下： 糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂的人以及老年人等，机体免疫力较弱，容易受到细菌侵袭，增加肾盂肾炎的发病几率。比如糖尿病患者由于血糖控制不佳，白细胞的吞噬功能受到影响，更容易发生泌尿系统感染。妊娠因素： 女性在妊娠期间，由于输尿管蠕动减弱、膀胱受压等原因，容易发生肾盂肾炎。据报道，妊娠女性肾盂肾炎的发生率约为2%~7%。