肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中以大肠埃希菌最为常见，约占60%-80%。细菌可通过上行感染、血行感染等途径引发肾盂肾炎。
上行感染引发
尿道细菌入侵： 女性尿道短而宽，细菌更容易从尿道进入膀胱，进而沿着输尿管向上蔓延至肾脏，引发肾盂肾炎。例如，性生活后女性发生肾盂肾炎的风险相对较高，这与性生活过程中细菌容易被带入尿道有关。泌尿系统梗阻： 如果存在尿路结石、前列腺增生等情况，会导致尿液排出受阻，细菌就容易在泌尿系统内滋生繁殖，增加肾盂肾炎的发病几率。比如尿路结石患者，结石阻碍尿液流动，使得细菌难以被冲刷排出，从而容易引发感染。
血行感染导致
细菌从血液传播： 身体其他部位有感染病灶，如皮肤感染、疖肿、扁桃体炎等，细菌可通过血液循环到达肾脏引起肾盂肾炎。例如，皮肤化脓性感染时，细菌随着血流到达肾脏，若肾脏防御功能较弱，就可能引发肾盂肾炎。机体免疫力低下： 当人体免疫力低下时，如糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂的人群，身体抵抗细菌的能力下降，血行感染引发肾盂肾炎的可能性会增加。糖尿病患者由于血糖高利于细菌生长，且自身免疫功能也受影响，更容易受到细菌侵袭导致肾盂肾炎。
肾脏本身因素影响
肾脏结构异常： 先天性肾脏发育异常，像肾囊肿、肾脏多囊性病变等，会使肾脏的正常结构发生改变，影响尿液的正常流动和肾脏的防御功能，容易引发肾盂肾炎。比如肾囊肿患者，囊肿占据肾脏空间，可能导致尿液引流不畅，为细菌感染创造条件。尿路器械检查： 进行导尿、膀胱镜检查等尿路器械操作时，可能会损伤尿路黏膜，并且将细菌带入泌尿系统，从而增加肾盂肾炎的发生风险。一般在进行这类检查后，需要密切观察是否出现发热、尿频、尿急、尿痛等肾盂肾炎相关症状。