灰指甲最有效的治疗方法需综合来看，一般口服抗真菌药物有一定效果，比如伊曲康唑，通常采用冲击疗法，不过一般需要连续用药数月。
口服抗真菌药治疗
伊曲康唑：属于三唑类抗真菌药，通过抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响麦角固醇合成，从而发挥抗真菌作用。一般采用冲击疗法，吃一周停三周为一个疗程，可能需要2 - 3个疗程。特比萘芬：是丙烯胺类抗真菌药，能抑制真菌角鲨烯环氧化酶，使真菌细胞膜形成受阻。一般每天口服250毫克，疗程通常需要12周左右，适用于指甲受累的情况。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它可以抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌活性。每周使用1 - 2次，连续使用6个月左右，对于轻度灰指甲有一定效果，但相对口服药起效较慢，且对于严重的灰指甲单独使用效果可能欠佳。环吡酮胺乳膏：能改变真菌细胞膜的完整性，导致细胞内容物漏出，起到杀菌作用。需要每天外用2次，持续涂抹数月，适用于病变面积较小的灰指甲。
手术拔甲治疗
适用情况：对于单发的灰指甲，病甲严重影响生活且其他治疗效果不佳时可以考虑。手术需要在局部麻醉下进行，将病甲拔除。不过手术创伤相对较大，术后恢复需要一定时间，且可能会有疼痛、出血等风险，也可能会继发感染。术后注意：术后要保持伤口清洁干燥，避免沾水，按照医生要求定期换药，防止感染。在恢复期间要减少患指的活动，一般需要1 - 3个月左右病甲才会逐渐长出新的指甲，但新长出的指甲有可能还会再次受到真菌侵袭。
综合护理配合
个人卫生：要保持手足清洁干燥，每天用温水清洗手足，洗完后及时擦干，尤其是指（趾）间的部位。尽量穿透气的鞋袜，勤换鞋袜，保持足部通风。避免与他人共用拖鞋、脚盆、指甲刀等物品，防止交叉感染。生活习惯：要注意加强锻炼，增强自身免疫力，有助于预防灰指甲复发以及辅助治疗。同时，要避免长时间浸水，如长时间泡脚、游泳等，因为潮湿的环境容易滋生真菌。