扁平疣的最佳治疗方法需依据其所处时期来选择。若处于病毒活跃期，像突然扁平疣增多、发红、瘙痒等情况，可开展系统治疗，例如肌肉注射甘露聚糖肽、干扰素、胸腺肽等，通常一个疗程为10天。这样的治疗效果相当好，绝大多数人能消除大部分扁平疣。要是处于静止期，也就是多年来没变化但在逐渐增多，最好采取系统治疗与外用药物相结合的方式。而如果扁平疣皮疹长时间毫无变化，选择物理性去除方式效果会更佳。
一、病毒活跃期的治疗：
1.肌肉注射的药物：包括甘露聚糖肽、干扰素、胸腺肽等。这些药物能够调节免疫系统，抑制病毒的活性，从而有助于扁平疣的消退。
二、静止期的治疗：
1.系统治疗：与活跃期类似，通过调节身体机能来应对病毒。
2.外用药物：与系统治疗配合，可增强治疗效果。
三、长期无变化的扁平疣治疗：
1.物理性去除：利用物理手段直接去除疣体，较为直接有效。
总之，针对扁平疣不同的状态选择合适的治疗方法非常重要，需根据具体情况进行综合判断和决策，以达到最佳的治疗效果。