乙肝抗病毒药主要有核苷（酸）类似物和干扰素两大类。常用的核苷（酸）类似物有恩替卡韦、替诺福韦酯等，干扰素分为普通干扰素和聚乙二醇干扰素。一般来说，没有绝对最好的药，需要根据患者具体情况选择。比如替诺福韦酯，其抗病毒作用较强，耐药率低，不过价格相对稍高；恩替卡韦抗病毒效果也不错，对初治患者疗效较好，但长期使用有一定耐药风险。
核苷（酸）类似物类
恩替卡韦： 它是一种强效的抗病毒药物，对乙肝病毒的抑制作用较强。通常适用于乙肝病毒复制活跃、转氨酶升高的患者。不过，长期使用恩替卡韦有发生耐药的可能性，大约在使用3 - 5年时，耐药率会逐渐上升。替诺福韦酯： 抗病毒作用持久且耐药率低，是目前指南推荐的一线药物之一。它可以有效地抑制乙肝病毒的复制，改善肝脏炎症坏死和纤维化。不过，长期使用替诺福韦酯可能会对肾功能有一定影响，需要定期监测肌酐清除率等指标。
干扰素类
普通干扰素： 需要每周皮下注射3次，用药时间相对较长，一般为1年左右。它的优点是有固定疗程，部分患者停药后可能会出现持久的病毒学应答。但使用普通干扰素可能会引起较多的不良反应，如发热、流感样症状、骨髓抑制等。聚乙二醇干扰素： 是长效干扰素，每周皮下注射1次即可。它的抗病毒效果与普通干扰素类似，但不良反应相对普通干扰素有所减轻。不过，聚乙二醇干扰素也有一些禁忌证，比如患有严重心脏疾病、自身免疫性疾病等的患者不适合使用。
选择药物的考虑因素
患者的病情阶段： 如果是乙肝大三阳，病毒载量高，转氨酶明显升高的患者，可能更适合使用强效低耐药的核苷（酸）类似物。而对于有生育计划的女性患者，替诺福韦酯相对更安全，因为恩替卡韦在妊娠B级，替诺福韦酯是妊娠B级且对母婴传播的阻断效果较好。患者的身体状况： 对于患有严重肾脏疾病的患者，就不适合使用替诺福韦酯，而可以考虑恩替卡韦等药物。对于身体状况较好、能够耐受干扰素不良反应的患者，可以优先考虑干扰素治疗，因为干扰素有可能实现临床治愈。