肛窦炎可以使用抗生素类药物等治疗，一般可选用甲硝唑等药物，但具体用药需根据病情由医生决定。
抗生素类药物
甲硝唑： 属于硝基咪唑类抗生素，对厌氧菌有较好的抗菌作用，可用于肛窦炎的治疗。它能抑制细菌的DNA合成，从而干扰细菌的生长、繁殖，最终导致细菌死亡。不过，孕妇及哺乳期妇女禁用甲硝唑。头孢类抗生素： 如头孢拉定等，属于β - 内酰胺类抗生素。这类药物通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用。如果肛窦炎是由细菌感染引起，且患者对头孢类药物不过敏，可考虑使用。但使用前需询问患者的药物过敏史。
中药坐浴药物
苦参汤： 由苦参、蛇床子、白芷、金银花、菊花、黄柏、地肤子、大菖蒲等中药组成。具有清热解毒、燥湿止痒的功效。一般是将药物煎水后进行坐浴，每次坐浴时间可控制在15 - 20分钟左右，每天可坐浴1 - 2次。它可以改善肛窦炎引起的局部瘙痒、疼痛等症状。五倍子汤： 由五倍子、朴硝、桑寄生、莲房、荆芥等组成，同样可用于坐浴。能起到消肿止痛、收敛止血的作用，对于肛窦炎导致的肛周肿胀等情况有一定的缓解作用。
局部外用药物
痔疮栓： 部分痔疮栓也可用于肛窦炎的辅助治疗。比如马应龙痔疮栓，它具有清热燥湿、活血消肿、去腐生肌的作用。将其纳入肛门内，可缓解肛窦炎引起的肛门坠胀、疼痛等不适症状。但使用时要注意按照正确的方法纳入肛门，且孕妇慎用。红霉素软膏： 属于大环内酯类抗生素软膏，可用于肛窦炎的局部涂抹。它能抑制细菌蛋白质的合成，从而达到抗菌的效果。涂抹在肛门周围皮肤，可减轻局部的炎症反应，但要注意避免接触眼睛和其他黏膜。