怀孕3个月肚子有时隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕3个月时，子宫逐渐增大，可能会牵拉子宫周围的韧带，引起肚子隐隐作痛。这种疼痛通常是轻微的，并且是间歇性的，不会伴有阴道出血等异常症状。
2.先兆流产：如果孕妇在怀孕3个月时，出现肚子隐隐作痛，并伴有阴道出血、腰酸等症状，可能是先兆流产的表现。此时，孕妇需要及时就医，进行保胎治疗。
3.宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫以外的部位着床发育，常见的部位是输卵管。宫外孕时，受精卵会在输卵管内逐渐发育，导致输卵管破裂，引起腹腔内出血，从而引起肚子剧烈疼痛。宫外孕是一种非常危险的情况，需要及时就医，进行手术治疗。
4.其他原因：怀孕3个月时，肚子有时隐隐作痛，还可能是由于其他原因引起，如子宫肌瘤、卵巢囊肿蒂扭转等。
总之，怀孕3个月时，肚子有时隐隐作痛，需要引起重视。如果疼痛持续时间较长、程度较严重，或者伴有其他异常症状，如阴道出血、腰酸等，应及时就医，进行相关检查，以排除先兆流产、宫外孕等异常情况。同时，孕妇在怀孕期间应注意休息，避免过度劳累，保持良好的心态，避免紧张、焦虑等不良情绪。