3岁宝宝发烧39度的处理方式取决于宝宝精神状态和高温持续时间。具体如下：
一、若3岁宝宝发烧39度但精神良好，无不良反应且不影响日常生活，可不特殊处理，只需继续观察并多喝水。
二、若3岁宝宝发烧39度且精神较差并伴有咳嗽、腹痛等症状，则需及时退热处理，可采取如下方式：
1.药物治疗：可遵医嘱口服布洛芬片、对乙酰氨基酚片等退烧药，其退烧效果好，能避免高热惊厥发生。同时要尽快到医院进行相关检查，以明确发热病因，进而针对病因开展下一步治疗。
2.物理降温：服用退烧药后，可通过温水擦拭身体、调整环境温度等物理降温方法来帮助降低体温，能有效缓解宝宝发热过度情况。同时，宝宝发烧39度可能会出汗导致衣服潮湿，这时要给宝宝换上干燥衣服，有助于散热。
总之，3岁宝宝发烧39度时要根据具体情况选择合适的处理方法，尤其当宝宝精神状态不佳伴有其他症状时，要及时进行退热处理并查找病因，以保障宝宝的健康。