食指指甲盖凹凸不平可能由以下原因导致：
一、甲营养不良：长时间体内营养缺乏，就容易使指甲出现营养不良状况，进而造成指甲盖凹凸不平。指甲的生长和健康需要多种营养物质的支持，如蛋白质、维生素、矿物质等。当身体缺乏这些营养时，指甲的生长会受到影响，可能会变得脆弱、易断裂、表面不平整等。
二、手部湿疹：手部患上湿疹会致使指甲部位的皮肤不健康，引起指甲凹凸不平。手部湿疹可能会引起皮肤瘙痒、红肿、渗出等症状，这些症状可能会影响到指甲的生长环境，导致指甲出现异常。
三、真菌感染：指甲部位遭受真菌感染时，会引发指甲变黄、变厚、变脆等不良症状，从而导致指甲盖凹凸不平。真菌感染会破坏指甲的结构和正常生长过程，使指甲变得粗糙、不平整。
总之，食指指甲盖凹凸不平需要到医院皮肤科进行全面检查，以明确具体原因，然后进行针对性治疗。