肾结石形成的原因较多，主要与代谢异常、局部因素以及药物等有关。一般来说，尿液中一些物质浓度过高，析出结晶，逐渐形成结石，比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出过多，就容易长结石。
代谢异常相关原因
尿液成分异常：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等浓度升高时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多会导致高钙尿症，使尿液中钙的含量过高，增加肾结石形成风险；草酸摄入过多，如长期大量吃菠菜、草莓等富含草酸的食物，会使尿液中草酸浓度升高，容易与钙结合形成草酸钙结石。尿pH值改变：不同成分的肾结石与尿pH值有关。比如尿酸结石多在酸性尿中形成，感染性结石则常在碱性尿中形成。正常尿液pH值在5.5 - 7.5之间，若尿液酸碱失衡，就可能促进结石形成。
局部因素相关原因
尿路梗阻：尿路梗阻会导致尿液引流不畅，使尿液中物质容易沉积形成结石。比如肾盂输尿管连接部狭窄、前列腺增生等疾病，都可能引起尿路梗阻，增加肾结石发生几率。尿路感染：尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使尿中晶体附着沉积，进而形成结石。而且某些细菌能分解尿素产生氨，使尿液变碱性，有利于磷酸镁铵及磷灰石沉积形成结石。
药物相关原因
某些药物：一些药物服用后可能会增加肾结石风险。例如氨苯蝶啶、硅酸盐、磺胺类药物等，长期服用这些药物可能会在尿液中形成结晶，逐渐发展为结石。比如磺胺类药物在尿液中溶解度较低，容易析出结晶，若不注意大量饮水，就容易形成结石。