孩子持续两天发烧39度，可能是由感冒、病毒感染、支气管肺炎等因素导致，应尽快就医检查以明确原因，并在医生指导下用药治疗。
孩子持续两天发烧39度的原因具体如下：
一、感冒：孩子若是因受凉等引发感冒，就可能出现持续两天发烧39度的情况，通常还伴有打喷嚏、鼻塞等表现。
二、病毒感染：当病毒在孩子体内大量增殖时，会产生众多毒素，进而刺激孩子的中枢神经系统，致使孩子连续两天高烧39度。
三、支气管肺炎：一般是病原体通过支气管侵入而引起的炎症，会造成孩子持续发热，同时可能伴有抽搐、咳嗽等症状。
孩子持续两天发烧39度的治疗办法如下：
1.感冒：可遵医嘱服用布洛芬颗粒、小儿氨酚黄那敏颗粒等药物进行治疗。
2.病毒感染：可遵医嘱服用蒲地蓝消炎口服液、抗病毒颗粒等药物进行处理。
3.支气管肺炎：可遵医嘱服用百蕊颗粒、阿奇霉素干混悬剂等药物进行医治。
总之，当孩子出现持续两天发烧39度的情况时，要及时就医，明确具体原因后采取针对性的治疗措施，家长切不可盲目自行用药，以免延误病情或导致不良后果。