克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性肠道疾病，其明显症状多样。约1/3的患者会出现腹痛，多位于右下腹或脐周，一般为间歇性发作。腹泻也是常见症状，多数患者每天排便2 - 6次，粪便多为糊状，一般无脓血或黏液，病情严重时次数会增多。
消化系统相关症状
腹痛表现： 腹痛的程度和性质因人而异，部分患者疼痛可自行缓解，也有患者会持续疼痛。一般进食会加重腹痛，而排便后可能会有所减轻，但也不是绝对的。腹泻特点： 除了排便次数增多，有些患者还可能伴有腹部不适，在进食某些食物后，比如富含膳食纤维的食物，腹泻可能会加重。
全身症状
部分患者会出现发热，多为间歇性低热或中度发热，少数患者会出现高热。还有些患者会有消瘦、贫血等表现，因为疾病影响营养吸收，长期下来就会导致体重下降、面色苍白等。比如患病时间较长的患者，体重可能在数月内下降5% - 10%以上。
肠外表现
有些患者会有关节炎，表现为外周关节疼痛、肿胀，以大关节为主。还有眼部病变，如虹膜炎、葡萄膜炎等，会出现眼睛红肿、疼痛、视力模糊等症状。皮肤也可能受累，出现结节性红斑等，表现为皮肤出现红色结节，有压痛。