克罗恩病是一种慢性炎症性肠道病，常见症状多样。约1/3的患者会出现腹痛，多为右下腹或脐周隐痛，发作时有痉挛性阵痛，还可能伴有腹泻，每天排便次数可达2 - 10次不等，粪便多为糊状，一般无脓血和黏液，但病变累及结肠下段或直肠时，可有黏液血便。
肠道局部症状表现
腹痛特点： 疼痛位置常与病变部位相关，如回肠末段病变多表现为右下腹疼痛，空肠病变则为脐周疼痛。疼痛性质多样，除了隐痛、痉挛性痛，还可能在进食后加重，这是因为进食会刺激肠道蠕动，加重炎症部位的刺激。腹泻情况： 腹泻程度因人而异，轻度患者可能只是排便次数略多于平常，重度患者腹泻频繁，严重影响生活质量。而且腹泻可能会伴随腹部不适，比如腹胀等症状。
全身症状体现
发热表现： 部分患者会出现发热症状，多为间歇性低热或中度发热，少数患者可出现高热。发热一般是由于肠道炎症反应引发的全身性炎症反应所致，当炎症活动时，身体的免疫反应被激活，会导致体温调节中枢紊乱从而发热。营养障碍： 由于肠道吸收功能受到影响，患者可能出现体重下降，儿童患者还可能影响生长发育。因为肠道炎症会影响对营养物质的消化和吸收，长期如此就会导致身体缺乏营养，出现体重不增或者减轻的情况。
肠道外表现情况
口腔病变： 约10% - 20%的患者会出现口腔黏膜溃疡，表现为口唇、颊黏膜等部位有小溃疡，伴有疼痛，影响进食。这是因为克罗恩病是全身性的炎症性疾病，会累及口腔黏膜等肠道外组织。关节症状： 部分患者会有关节痛或关节炎，以大关节受累为主，如膝关节、踝关节等，表现为关节肿胀、疼痛、活动受限。这是由于肠道炎症产生的自身抗体等物质可能会累及关节组织，引发免疫性关节炎症。皮肤表现： 可能出现结节性红斑，多见于下肢，表现为红色结节，有压痛；还可能有坏疽性脓皮病，表现为皮肤溃疡，不易愈合。这些皮肤表现也是肠道外炎症反应的一种体现。