智齿牙床肉翘起来的处理方式如下：有肿痛等症状可使用头孢和甲硝唑等药物，无胀痛等症状可手术切除翘起来部分。
一、智齿牙床肉翘起来伴肿痛症状：
1.这通常表明是细菌感染导致的智齿冠周炎，翘起来的部分是感染时牙龈炎症肿胀引起的。
2.一般可在医生指导下口服头孢类或甲硝唑来抗感染，同时结合局部冲洗以去除病因。
3.若有药物过敏则需咨询医生后换用其他药物。
4.炎症消除后，医生会根据情况判断是否需要拔掉智齿。
二、智齿牙床肉翘起来但无肿痛症状：
1.说明只是智齿周围的牙龈盲瓣单纯较大，可出现在未完全萌出的智齿或阻生无法完全萌出的智齿上。
2.如果没有发生炎症感染，可以暂时不处理。
3.若发生过智齿冠周炎或反复咬到，一般可到医院采取高频电刀或者激光的方法切除翘起来的部分。
总之，对于智齿牙床肉翘起来的情况，需要根据具体症状来选择合适的处理方法。如果伴有不适，应及时就医，在医生的指导下进行治疗。