右侧睾丸隐隐作痛是否会自愈，取决于引起疼痛的原因。以下是一些可能的情况：
1.睾丸扭转：这是一种急症，需要立即就医。如果睾丸扭转得不到及时治疗，可能会导致睾丸坏死，需要手术切除。
2.附睾炎或睾丸炎：这两种炎症通常由细菌感染引起，需要使用抗生素治疗。如果治疗不彻底，炎症可能会迁延不愈，导致慢性附睾炎或睾丸炎，影响睾丸的功能。
3.精索静脉曲张：这是一种血管病变，可能导致睾丸血液循环不畅，引起疼痛。轻度的精索静脉曲张可能不需要治疗，但严重的精索静脉曲张可能需要手术治疗。
4.其他原因：如睾丸损伤、阴囊湿疹、前列腺炎等，也可能引起睾丸疼痛。这些情况下，疼痛的自愈取决于病因的治疗和恢复情况。
需要注意的是，睾丸疼痛可能是严重疾病的信号，如睾丸扭转、睾丸肿瘤等。因此，如果出现右侧睾丸隐隐作痛，尤其是伴有发热、恶心、呕吐等症状时，应及时就医，进行详细的检查和诊断。医生会根据具体情况制定相应的治疗方案。
在等待就医期间，应注意休息，避免剧烈运动和长时间站立。可以用阴囊托托起阴囊，以减轻疼痛和不适。同时，应避免穿过紧的内裤和裤子，保持阴囊通风良好。
总之，右侧睾丸隐隐作痛是否会自愈，需要根据具体情况来判断。如果疼痛持续不缓解或加重，应及时就医，以便早期诊断和治疗。