腰间盘突出的病因有多种，其中椎间盘退变是主要内在因素，一般人到30 - 40岁后椎间盘开始逐渐退变，水分减少，纤维环和髓核的弹性、抗负荷能力下降。
损伤因素
慢性损伤： 长期反复的外力造成轻微损害，加重了退变的程度。比如长期从事重体力劳动的人，像建筑工人，在搬运重物时，腰部承受较大压力，容易引发腰间盘突出。还有长期伏案工作的人，长时间保持不良姿势，也会增加腰间盘突出的风险。急性损伤： 突然的腰部扭伤，比如腰部突然遭受暴力，像腰部被撞击等情况，也可能导致纤维环破裂，髓核突出，引发腰间盘突出。
遗传因素
家族遗传倾向： 研究发现，有家族史的人患腰间盘突出的几率比普通人要高一些。如果家族中有亲属患有腰间盘突出，那么其自身患病的可能性会增加。不过遗传因素并不是绝对的致病因素，只是增加了患病的风险。
发育异常因素
腰椎发育异常： 先天性腰椎发育不良，比如腰椎骶化、骶椎腰化等情况，会使腰椎的应力分布发生改变，导致局部应力集中，容易引发腰间盘突出。另外，腰椎小关节不对称等发育异常情况，也会影响腰部的稳定性，增加腰间盘突出的发生概率。