脑干出血多由高血压合并细小动脉硬化引起，约70%的脑干出血患者有高血压病史。长期高血压会使脑内小动脉形成微动脉瘤，当血压剧烈波动时，微动脉瘤破裂就会导致脑干出血。
高血压因素：
血压长期控制不佳： 血压持续高于正常范围，如收缩压长期高于140mmHg和（或）舒张压高于90mmHg，会不断损伤脑干部位的血管。研究发现，高血压患者脑干出血的风险比血压正常者高很多倍。血压骤升： 比如情绪剧烈波动、过度劳累、用力排便等情况，会使血压在短时间内急剧升高，超出血管承受能力，引发脑干血管破裂出血。
血管病变因素：
脑内小动脉硬化： 血管壁会变得僵硬、弹性下降，血管腔变窄，血液通过时阻力增大，容易导致局部血管破裂。这种动脉硬化是一个长期的过程，随着年龄增长，发生概率会增加。先天性脑血管畸形： 如动静脉畸形等，脑血管发育异常，血管结构薄弱，容易破裂出血。这种情况在年轻人中相对多见，可能在某些诱因下就会引发脑干出血。
其他因素：
酗酒： 长期大量饮酒会使血压升高，还会损伤血管内皮细胞，影响血管的正常功能，增加脑干出血的可能性。有研究显示，长期酗酒者脑干出血的发生率比不饮酒者高。吸烟： 烟草中的尼古丁等成分会使血管收缩、血压升高，还会降低血管壁的弹性，损害血管健康，增加脑干出血风险。吸烟者患脑干出血的几率明显高于非吸烟者。