软疣主要通过局部治疗来改善，一般可以采用物理治疗方法。比如冷冻治疗，是利用低温使软疣小体坏死脱落，通常经过1 - 2次冷冻可能见到效果。
物理治疗方法
冷冻治疗： 医生会用液氮等低温物质接触软疣部位，使病变组织坏死。操作时可能会有轻微疼痛，治疗后局部可能会出现水疱等情况，一般1 - 2周能恢复。刮除术： 用特制的刮匙将软疣小体刮除，操作前会进行局部消毒，刮除后局部可能会有少许出血，需要注意保持局部清洁，防止感染。
外用药物治疗
酞丁安软膏： 属于抗病毒药物，可抑制病毒复制。涂抹在软疣患处，每天2 - 3次，连续使用几周可能有效果，但起效相对较慢。维A酸乳膏： 可以调节上皮细胞的生长和分化，对软疣有一定的治疗作用，不过使用时要注意避免接触正常皮肤，可能会引起局部轻微刺激。
自身免疫情况的影响
免疫力正常者： 自身免疫力较好的人，软疣有可能在数月内自行消退，这是因为自身免疫系统可能会逐渐清除病毒。免疫力低下者： 像患有艾滋病等免疫力低下疾病的人，软疣可能会反复发作，治疗相对困难，需要综合治疗并积极治疗基础疾病来提高免疫力。
日常注意事项
避免搔抓： 软疣部位不要用手搔抓，防止自身接种传播，导致皮疹增多。注意个人卫生： 保持皮肤清洁，勤换衣物，不与他人共用毛巾、浴巾等个人物品，防止交叉感染。