病毒性软疣主要通过局部治疗来去除，一般7~10天左右能有明显改善。
局部治疗方法一：夹除术
操作过程： 医生会用镊子将软疣小体夹破，挤出内容物，然后外涂碘酊等防止感染。这种方法比较直接，对于单个或数量较少的软疣适用。注意事项： 操作时要注意无菌操作，夹除后局部可能会有轻微疼痛和少量渗血，短时间内要保持局部清洁干燥，避免沾水，以防感染。
局部治疗方法二：冷冻治疗
原理： 利用低温液氮使软疣组织坏死脱落。一般冷冻后局部会出现水疱，然后逐渐结痂脱落。适用情况： 适用于多发的软疣。冷冻治疗后要注意保护创面，避免搔抓，让水疱自然吸收干涸结痂，通常1~2周左右痂皮会脱落。
局部治疗方法三：激光治疗
方式： 用激光的热能破坏软疣组织。激光治疗相对比较精准，能快速去除软疣。术后护理： 治疗后局部会有创面，要保持创面清洁，避免感染，可能会有短暂的红肿，一般数天内可消退。
药物辅助治疗
外用药物： 可以使用一些抗病毒的外用药物，如酞丁安乳膏等，涂抹在软疣患处，有一定的抑制病毒复制的作用，但单独使用效果可能相对较慢，常作为辅助治疗手段。不过要注意，儿童使用外用药物时需谨慎，应在医生指导下使用，避免药物误触眼睛等敏感部位。