治疗脑血栓常用的药物有溶栓药物、抗血小板聚集药物、神经保护类药物等。例如，常用的溶栓药物如阿替普酶，在发病4.5小时内使用可能有效。
溶栓药物
阿替普酶： 是一种重组组织型纤溶酶原激活剂，能激活纤溶酶原变为纤溶酶，溶解血栓。一般需在发病4.5小时内静脉给药。尿激酶： 也可用于溶栓治疗，通过激活体内纤溶酶原发挥作用，使用时机通常在发病6小时内。
抗血小板聚集药物
阿司匹林： 通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A₂的生成，从而抑制血小板聚集。一般建议急性期后长期小剂量服用。氯吡格雷： 作用机制是选择性地抑制二磷酸腺苷（ADP）与血小板受体的结合及继发的ADP介导的糖蛋白GPⅡb/Ⅲa复合物的活化，进而抑制血小板聚集。对于不能耐受阿司匹林的患者可选用。
神经保护类药物
依达拉奉： 具有清除自由基、抑制脂质过氧化的作用，能减轻脑梗死引起的神经症状、改善日常生活活动能力和功能障碍。一般通过静脉滴注给药。胞磷胆碱钠： 可以改善脑代谢，促进大脑功能恢复，对脑血管病后遗症有一定的治疗作用。可通过静脉注射或口服给药。
抗凝药物
肝素： 是一种抗凝剂，通过增强抗凝血酶Ⅲ的活性，阻止凝血酶原转化为凝血酶，从而发挥抗凝作用。一般需在医院密切监测下使用。华法林： 属于香豆素类抗凝剂，通过抑制维生素K依赖的凝血因子的合成发挥抗凝效果，但起效较慢，用药期间需定期监测国际标准化比值（INR）来调整剂量。