急性扁桃体炎多由细菌感染引起，尤其是A组乙型溶血性链球菌。一般来说，抗生素是治疗急性扁桃体炎的主要药物，青霉素类抗生素如阿莫西林较为常用，约70%左右的患者使用青霉素类药物治疗有效。
抗生素类药物
青霉素类： 如阿莫西林，它能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用。对大多数引起急性扁桃体炎的链球菌等有较好的抗菌活性。不过，使用前需确认患者无青霉素过敏史，有青霉素过敏史者禁用。头孢菌素类： 例如头孢拉定，属于广谱抗生素，对多种细菌有抗菌作用。可用于青霉素过敏患者替代治疗急性扁桃体炎，但同样要注意过敏问题，有头孢菌素类药物过敏史者不宜使用。
对症治疗药物
解热镇痛药： 当患者出现发热、咽痛较剧烈时可使用。像对乙酰氨基酚，能通过抑制前列腺素合成起到解热镇痛作用，成人常用剂量下一般能有效缓解症状，但3岁以下儿童使用需谨慎，应在医生指导下根据体重等情况使用。布洛芬也可用于缓解发热和咽痛，儿童使用时要根据年龄和体重选择合适的剂型和剂量。
局部用药
含漱液： 常用的有复方硼砂含漱液，它能清洁口腔、杀菌消炎，减轻扁桃体局部的炎症反应，使用时按照说明书稀释后含漱，每天可使用数次。还有氯己定含漱液，也有一定的抗菌作用，有助于保持口腔清洁，辅助治疗急性扁桃体炎。
中医中药
清热解毒类中成药： 比如蓝芩口服液，具有清热解毒、利咽消肿的作用，可缓解急性扁桃体炎引起的咽痛、咽干等症状。双黄连口服液也有一定的清热解毒功效，能在一定程度上辅助治疗急性扁桃体炎，但使用时要注意药物相互作用等情况，儿童使用时需在成人监护下并遵医嘱。