急性扁桃体炎通常由细菌或病毒感染引起，治疗药物需根据病因选择。一般来说，细菌感染导致的急性扁桃体炎，常用青霉素类抗生素，如青霉素V钾片，若是对青霉素过敏的患者，可选用头孢类抗生素，如头孢拉定胶囊等，一般用药3~7天左右症状会有所缓解。
细菌感染相关药物
青霉素类药物： 青霉素V钾片是常见的青霉素类抗生素，通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用，对大多数引起急性扁桃体炎的链球菌等有较好的抗菌效果。头孢类药物： 头孢拉定胶囊属于第一代头孢菌素，对金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌等有一定的抗菌活性，可用于治疗细菌感染引起的急性扁桃体炎。
病毒感染相关药物
抗病毒药物： 如果是病毒感染引起的急性扁桃体炎，一般可使用利巴韦林等抗病毒药物。利巴韦林能抑制病毒核酸的合成，从而发挥抗病毒作用，但使用时需注意其可能存在的一些不良反应，如贫血等。中成药： 一些清热解毒的中成药也可辅助治疗，比如蓝芩口服液，它具有清热解毒、利咽消肿的功效，可缓解急性扁桃体炎引起的咽痛等症状。
对症治疗药物
解热镇痛药： 当患者有发热、咽痛较明显的情况时，可使用对乙酰氨基酚片等解热镇痛药。对乙酰氨基酚能抑制前列腺素的合成，起到解热镇痛的作用，一般服用后0.5~1小时左右开始起效，能缓解发热和咽痛症状。含漱液： 局部使用含漱液也有一定帮助，如复方硼砂含漱液，它可以清洁口腔、杀菌消炎，减轻扁桃体局部的炎症反应，每次含漱时需将药液在口腔内停留一定时间，以达到较好的效果。
特殊人群用药注意
儿童患者： 儿童使用抗生素时需谨慎，如青霉素类药物，要根据儿童的体重等情况合理选择剂量，且要密切观察用药后的反应，因为儿童的肝肾功能发育尚未完全成熟，药物代谢可能与成人不同。老年患者： 老年急性扁桃体炎患者用药时也要注意，由于老年患者可能合并有其他基础疾病，如高血压、糖尿病等，使用某些药物时需考虑药物与其他疾病治疗药物的相互作用，比如使用头孢类药物时，要注意对血糖等指标的影响等情况。