髓母细胞瘤的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下因素相关。目前并没有确切的单一数据能直接表明其发生的概率等，但已知一些相关情况。
遗传因素相关
基因变异方面： 部分髓母细胞瘤患者存在特定的基因变异情况。例如，有研究发现一些与细胞生长、分化相关的基因发生突变可能与髓母细胞瘤的发生有关。比如 Sonic Hedgehog（SHH）信号通路相关基因的突变较为常见，这类基因的异常改变可能会影响细胞的正常生长调控，进而增加患髓母细胞瘤的风险。家族遗传倾向： 有家族史的人群相对普通人群患髓母细胞瘤的风险可能会略有升高。如果家族中有亲属曾患髓母细胞瘤，那么其他家庭成员需要更加密切关注自身健康状况，定期进行相关的体检筛查等，以便早期发现可能出现的问题。
胚胎发育因素
胚胎时期细胞异常分化： 在胚胎发育过程中，如果神经上皮细胞出现异常分化，就有可能发展成为髓母细胞瘤。胚胎早期某些因素干扰了神经干细胞的正常分化进程，使得部分细胞不能按照正常的发育轨迹形成正常的脑组织结构，而是异常增殖形成髓母细胞瘤。先天发育缺陷影响： 一些先天发育存在缺陷的胚胎，其发生髓母细胞瘤的几率可能相对较高。比如胚胎时期神经管发育过程中出现的异常情况，可能会为髓母细胞瘤的发生埋下隐患。
环境因素影响
辐射暴露相关： 孕期母亲如果受到过多的辐射暴露，比如在职业环境中接触放射性物质等情况，可能会增加胎儿日后患髓母细胞瘤的风险。研究表明，过高剂量的辐射可能会损伤胎儿的细胞遗传物质，影响细胞的正常生长和分化，从而诱发肿瘤的发生。化学物质接触： 长期接触某些化学物质也可能与髓母细胞瘤的发生有一定关联。虽然具体的机制还在进一步研究中，但有证据显示，一些具有致癌性的化学物质可能会通过影响细胞的基因表达、代谢等过程，增加患髓母细胞瘤的可能性。不过一般日常生活中这种接触导致髓母细胞瘤的几率相对较低，但长期处于高浓度相关化学物质环境中需要引起重视。