松果体囊肿可能带来多方面危害，一般较小的松果体囊肿可能没有明显症状，但较大的囊肿可能产生一些问题。比如部分患者可能出现头痛，约有10% - 20%的松果体囊肿患者会有头痛表现，头痛程度不一，可能是间歇性或持续性的。
对内分泌的影响
激素分泌干扰： 松果体主要分泌褪黑素，松果体囊肿可能影响褪黑素的正常分泌。褪黑素对人体的睡眠 - 觉醒周期等有调节作用，分泌异常可能导致睡眠障碍，约30%的松果体囊肿患者会出现入睡困难、睡眠浅等睡眠方面的问题。促性腺激素影响： 松果体还与促性腺激素的调节有关，囊肿较大时可能干扰促性腺激素的分泌，对于青少年患者，可能影响其正常的青春期发育，导致第二性征发育异常等情况。
对神经系统的影响
颅内压升高表现： 当松果体囊肿较大时，可能占据颅内空间，引起颅内压升高。患者可能出现恶心、呕吐症状，约15% - 20%的患者会有这种消化道症状，严重时还可能出现视力下降，因为颅内压升高可能影响视神经等结构，导致视野缺损等视力相关问题。癫痫发作风险： 部分松果体囊肿患者可能伴有癫痫发作，这是因为囊肿对周围脑组织产生压迫或影响神经传导，约5% - 10%的患者会出现癫痫发作，发作形式多样，如全身性抽搐等。
对眼部的潜在影响
眼球运动异常： 松果体囊肿可能影响到与眼球运动相关的神经传导通路，导致眼球运动障碍，患者可能出现复视情况，即看东西重影，约8% - 12%的患者会有复视现象，影响正常的视觉体验和日常活动。视力视野改变： 除了前面提到的视力下降，还可能出现视野缺损，比如周边视野缩小等情况，这会影响患者对周围环境的感知范围，给生活带来不便。