松果体囊肿可能带来多方面危害，一般较小的松果体囊肿可能无明显危害，但较大的囊肿可能有以下情况。部分较大的松果体囊肿可能压迫周围组织，比如压迫中脑导水管，导致脑脊液循环受阻，进而引起梗阻性脑积水，出现头痛、呕吐等症状，据统计，约10% - 15%的松果体囊肿患者可能出现脑积水相关表现。
对神经系统的影响
压迫周围神经结构： 当松果体囊肿较大时，可能压迫邻近的神经组织，像压迫四叠体，可引起眼球运动障碍，表现为眼球不能正常上视等情况。还可能影响脑干等结构，导致肢体运动、感觉等方面出现异常，比如肢体无力、麻木等。内分泌功能紊乱风险： 松果体主要分泌褪黑素等激素，松果体囊肿可能干扰其正常分泌功能，进而影响人体的生物钟、睡眠节律等。比如可能导致患者出现睡眠障碍，表现为入睡困难、睡眠易惊醒等，长期可能影响身体健康和生活质量。
引发颅内压增高相关症状
头痛： 由于囊肿导致脑积水等情况，引起颅内压升高，患者常出现持续性头痛，多为胀痛，且可能在早晨起床时较为明显，随着病情进展，头痛可能逐渐加重。呕吐： 颅内压增高还可引发呕吐，一般是喷射性呕吐，即在没有恶心的情况下，胃内容物突然喷出，这是因为颅内压升高刺激呕吐中枢导致的。
对视觉系统的影响
影响视觉传导： 若松果体囊肿压迫到与视觉相关的神经通路，可能影响视觉信息的传导，导致视力下降、视野缺损等问题。例如可能出现周边视野缩小，看东西的范围变窄，或者视力逐渐减退等情况。