腰椎间盘突出微创手术后少数人可能出现一些后遗症，比如神经损伤相关的后遗症，有大约5% - 10%的概率可能出现下肢麻木、疼痛症状持续不缓解或者加重的情况。
感染相关后遗症
伤口感染： 虽然微创手术感染几率较低，但仍有小于1%的可能发生伤口感染。如果发生感染，可能会出现伤口红肿、疼痛、发热等症状，严重时可能需要再次清创处理，甚至影响手术效果。椎管内感染： 相对较为罕见，但一旦发生后果较严重，可能会出现发热、头痛、腰部及下肢放射性疼痛加重等情况，需要及时进行抗感染等治疗。
脑脊液漏相关后遗症
轻度脑脊液漏： 约有1% - 2%的概率出现轻度脑脊液漏，可能表现为术后伤口引流液增多，平卧时症状相对轻，坐起或站立时可能有头晕等不适，一般经过卧床休息等保守治疗多可逐渐恢复。重度脑脊液漏： 发生概率低于1%，可能会导致头痛剧烈，体位变化时明显加重，严重时可能影响脑部脑脊液循环平衡，需要进行特殊的处理，如腰椎穿刺置管引流等措施来促进恢复。
复发相关后遗症
早期复发： 术后3 - 6个月内有大约1% - 3%的概率出现早期复发，可能再次出现腰痛伴下肢放射痛等症状，这与手术时椎间盘髓核组织清除不彻底等因素有关。远期复发： 术后1年以上也有复发可能，概率约在0.5% - 2%，可能与患者术后不良生活习惯，如长期久坐、弯腰重体力劳动等有关，复发后可能需要再次评估治疗方案。