治疗卵巢巧克力囊肿的方法有很多种，具体的治疗方法需要根据患者的年龄、症状、病变程度、生育要求等因素来选择。常见的治疗方法包括：
1.药物治疗：通过药物来调节激素水平，缓解症状，但不能根治。
2.手术治疗：包括腹腔镜手术和开腹手术，通过手术切除囊肿或卵巢。
3.介入治疗：通过血管介入的方法，将囊肿内的巧克力样物质抽吸出来。
4.中医治疗：中医治疗卵巢巧克力囊肿的方法主要有中药调理、针灸、按摩等。
需要注意的是，对于有生育要求的年轻患者，手术治疗应尽量保留正常的卵巢组织，以提高受孕率。对于绝经后妇女，若囊肿较大或症状明显，可考虑手术治疗或药物治疗。此外，患者在治疗期间应注意休息，避免剧烈运动和性生活，同时要保持良好的心态，积极配合治疗。