卵巢巧克力囊肿的治疗方法主要包括以下几种：
1.药物治疗：
假孕疗法：通过使用孕激素类药物，使异位的子宫内膜发生类似妊娠的反应，停药后子宫内膜发生退行性变，继而出现类似月经来潮的现象。
假绝经疗法：使用促性腺激素释放激素激动剂，使卵巢功能暂时性的抑制，出现暂时性闭经。
2.手术治疗：
保守性手术：主要是切除卵巢巧克力囊肿，保留卵巢的正常功能。适用于年轻、有生育要求的患者。
半根治性手术：即全子宫及双侧附件切除术，不保留卵巢功能。适用于年龄较大、无生育要求的患者。
3.介入性治疗：
在X线电视系统的引导下，将导管插入卵巢巧克力囊肿内，用无水乙醇等药物破坏囊壁，使囊内液外溢，从而达到治疗目的。
4.其他治疗：
中医治疗：可在医生的指导下使用活血化瘀、软坚散结的中药进行调理。
饮食调理：注意饮食清淡，避免食用辛辣、刺激性食物，多吃富含维生素、蛋白质的食物。
需要注意的是，卵巢巧克力囊肿的治疗方法应根据患者的年龄、症状、囊肿大小、生育要求等因素综合考虑。在治疗过程中，患者应积极配合医生，注意休息，保持良好的心态。