肛门处长出肉疙瘩且伴有疼痛，可能是以下原因引起：
1.痔疮：内痔或混合痔可脱出肛门外，伴有肛门部肿物，有时伴便血，肛门部疼痛。
2.肛裂：肛管皮肤全层裂开后形成的小溃疡，可引起肛门部疼痛，伴有便血，肛门部肿物。
3.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，可引起肛门部疼痛，伴有发热、乏力等全身症状，肛门周围可触及肿物，有波动感。
4.直肠息肉：是直肠黏膜表面突出的赘生物，可引起便血，肛门部肿物，伴有肛门部瘙痒、腹痛等症状。
5.肛管或直肠肿瘤：肛管或直肠的良性或恶性肿瘤，可引起肛门部肿物，伴有便血、疼痛、下坠感、消瘦等症状。
如果出现肛门处长出肉疙瘩且伴有疼痛的症状，建议及时就医，明确诊断。治疗方法包括药物治疗、坐浴、手术治疗等，具体治疗方法应根据病因、病情严重程度等因素决定。
在日常生活中，应注意保持肛门部清洁，避免久坐、久站，避免食用辛辣刺激性食物，保持大便通畅。