治疗毛囊炎常用的药物有抗生素类药物等，比如外用的莫匹罗星软膏，一般价格在几元到十几元不等，适用于细菌感染引起的毛囊炎。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 这是一种局部外用的抗生素，能抑制细菌的蛋白质合成，从而起到杀菌作用，可用于治疗革兰阳性球菌引起的毛囊炎。一般直接涂抹在患处，每天3次左右。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌活性。使用时取适量均匀涂抹于患处，每日2 - 3次。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果是真菌感染引发的毛囊炎，酮康唑乳膏可以发挥作用。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢。一般早晚各涂抹一次，连续使用数天。硝酸咪康唑乳膏： 适用于由念珠菌等真菌感染引起的毛囊炎。用法是洗净患处后，取适量本品涂擦，一日2 - 3次。
中药类外用制剂
如意金黄散： 可以用醋或酒调成糊状后外敷在毛囊炎患处，有清热解毒、消肿止痛的功效，能缓解毛囊炎引起的红肿热痛等症状。一般根据患处面积大小来调配使用量，每天敷1 - 2次。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，可消炎、防腐及消肿。用于毛囊炎时，涂抹在患处，一日2次，能促进炎症的局限和吸收。需要注意的是，不同原因引起的毛囊炎用药不同，而且在使用药物前最好先清洁皮肤，保持患处清洁干燥。如果毛囊炎情况较为严重，或者外用药物效果不佳，可能需要配合口服药物治疗，这时一定要在医生的指导下进行，避免自行用药带来不良后果。同时，对于儿童等特殊人群使用药物更要谨慎，比如儿童使用某些外用药物时要注意药物的浓度等情况，遵循医生的建议。