毛囊炎的治疗药物需根据病情选择，一般局部外用药物较为常用，比如2%莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有抗菌作用，能抑制细菌生长，缓解毛囊炎症状，通常每天外用2 - 3次。
外用抗生素类药物
夫西地酸乳膏： 适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，对毛囊炎有一定疗效。它能干扰细菌蛋白质的合成，从而发挥抗菌作用。一般每天涂抹2 - 3次，直接涂于患处。复方多粘菌素B软膏： 可用于预防皮肤创面的细菌感染以及治疗轻度皮肤感染，像毛囊炎就适用。它对多种革兰阳性及阴性细菌均有抗菌活性，使用时取适量均匀涂抹于患处，每日3 - 4次。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果是真菌引起的毛囊炎，使用酮康唑乳膏比较合适。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢。用法是局部外用，清洗患处后，取适量乳膏涂于患处，每天1 - 2次。特比萘芬乳膏： 同样针对真菌感染导致的毛囊炎，它可以抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。通常一天使用1 - 2次，均匀涂抹在受感染的皮肤部位。
中药类外用药物
如意金黄散： 用醋或酒调成糊状后外敷于毛囊炎患处，有清热解毒、消肿止痛的作用。一般每天敷1 - 2次，能帮助减轻毛囊炎引起的红肿热痛等症状。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，可消炎、消肿、防腐。适用于疖肿早期等情况，对于毛囊炎也有一定作用。外用时涂抹在患处，每天2次，能促进炎症的消退。需要注意的是，在使用药物治疗毛囊炎时，要保持皮肤清洁，避免搔抓刺激。如果毛囊炎症状较为严重，或者外用药物效果不佳，可能需要结合口服药物等其他治疗方法，此时应及时就医，在医生的指导下进行规范治疗。