毛囊炎的治疗药物需根据病情来选，一般局部外用药物较为常用，比如莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有较好的抗菌作用，能帮助缓解毛囊炎症状，通常外用即可，方便快捷。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏：主要针对革兰阳性球菌引起的毛囊炎，能抑制细菌蛋白质合成，起到杀菌消炎作用，直接涂抹在患处就行。夫西地酸乳膏：对引起毛囊炎的金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性，可用于局部皮肤感染的毛囊炎治疗，涂抹后能减轻炎症反应。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏：如果是真菌感染导致的毛囊炎，比如马拉色菌引起的，酮康唑乳膏就有效果，它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，发挥抗真菌作用。特比萘芬乳膏：同样适用于真菌性毛囊炎，通过抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌功效，外用涂抹在患处。
系统用药物情况
严重情况时考虑：当毛囊炎比较严重，皮损广泛或者外用药物效果不佳时，可能会考虑系统使用抗生素。比如病情较重的患者，可口服头孢类抗生素等，但需在医生评估后使用，因为系统用药有一定的适应证和禁忌证，不能自行随意使用。
注意事项
皮肤清洁：使用药物治疗毛囊炎的同时，要注意保持皮肤清洁卫生，每天用温水清洗患处周围皮肤，但要避免过度清洗，以免损伤皮肤屏障。避免刺激：患病部位要避免搔抓、挤压等刺激，防止炎症加重或者感染扩散，这对毛囊炎的恢复很重要。