克罗恩病开始的症状多样，其中腹痛较为常见，约有 70% - 90%的患者会出现不同程度的腹痛，多位于右下腹或脐周，一般为间歇性发作。
肠道相关症状
腹泻：多数患者有腹泻症状，排便次数增多，可为稀便或糊状便，一般无脓血和黏液，但病变累及结肠下段或直肠时，可有黏液血便。腹泻频率因人而异，有的患者每天腹泻 2 - 3 次，严重时可达 10 余次。腹部包块：约 10% - 20%的患者可出现腹部包块，多位于右下腹与脐周，包块可因肠粘连、肠壁与肠系膜增厚、肠系膜淋巴结肿大、内瘘或局部脓肿形成所致。
全身症状
发热：约 1/3 的患者有低热或中等度发热，一般不伴寒战。少数患者可呈弛张热伴毒血症。发热多是由于肠道炎症活动或继发感染引起。
肠外表现
口腔黏膜溃疡：部分患者会出现口腔黏膜溃疡，表现为口唇、颊黏膜等部位的小溃疡，可伴有疼痛。关节症状：约 10% - 20%的患者有关节痛，以外周关节受累为主，如膝关节、踝关节等，可出现肿胀、疼痛。皮肤表现：有的患者会出现结节性红斑，多见于下肢，表现为红色结节，有压痛；也可出现坏疽性脓皮病，表现为皮肤溃疡、坏死等。