肛瘘的治疗方式需根据具体情况选择，一般来说手术是主要的治疗方法，目前常用的手术方式有肛瘘切开术、肛瘘挂线术等。其中肛瘘挂线术相对来说复发率较低，大约在10%左右。
手术治疗方式
肛瘘切开术： 适用于低位单纯性肛瘘，是将瘘管全部切开，靠肉芽组织生长使伤口愈合。术后要保持创面清洁，按时换药，一般需要2-4周左右愈合。肛瘘挂线术： 多用于高位肛瘘，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。术后需注意观察挂线情况，一般10-14天挂线会脱落，创面恢复时间相对较长，可能需要1个月左右。
非手术治疗情况
药物治疗： 急性发作期可使用抗生素控制感染，如头孢类抗生素等，但药物治疗只能暂时缓解症状，不能根治肛瘘，一般作为手术前后的辅助治疗。坐浴： 可用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1-2次，能清洁肛门局部，促进血液循环，缓解症状，但不能治愈肛瘘。
术后康复注意事项
饮食方面： 术后应避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果、粗粮等，保持大便通畅，每天保证1-2次正常排便，避免便秘或腹泻影响创面愈合。一般建议术后1周内饮食以清淡易消化为主。创面护理： 要注意保持肛瘘手术创面的清洁，按时进行换药，观察创面有无红肿、渗血、渗液等情况。如果发现创面有异常，应及时告知医生进行处理。肛瘘的治疗最好的方式需要综合考虑肛瘘的类型、患者的身体状况等因素，手术治疗是根治肛瘘的主要方法，而术后的康复护理也非常重要，能影响手术的效果和患者的恢复情况。