肛窦炎可以使用抗生素类药物等帮助缓解，一般可以选择口服或局部用药。通常口服的抗生素如头孢类抗生素等有一定效果，局部用药可以用痔疮栓等。一般来说，规范用药后可能在数天到几周内有所改善，但具体恢复时间因人而异。
口服抗生素类药物
针对细菌感染：肛窦炎多由细菌感染引起，常用的口服抗生素有头孢克肟等。这类药物能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用。不过，使用前需要确定没有过敏情况，一般儿童使用时要谨慎，需在医生指导下根据体重等情况用药。大环内酯类抗生素：像阿奇霉素也是可选药物之一，它通过与细菌核糖体结合，抑制细菌蛋白质合成来抗菌。但使用时要注意可能出现胃肠道反应，如恶心、呕吐等。
局部外用药物
痔疮栓：例如太宁栓，它可以起到消肿、止痛、消炎的作用。使用时要注意清洁肛门局部，然后将栓剂轻轻塞入肛门内。一般每天使用1 - 2次，使用后要避免剧烈活动，防止栓剂脱出。中药坐浴：一些中药方剂也可用于坐浴，比如用黄柏、苦参等中药煎水坐浴，能起到清热燥湿、消肿止痛的效果。坐浴时水温要适宜，一般控制在40℃ - 50℃左右，每次坐浴15 - 20分钟，每天可进行1 - 2次。
抗炎消肿药物
糖皮质激素软膏：如果肛窦炎伴有明显的红肿等炎症反应，可短期使用糖皮质激素软膏，如氢化可的松软膏。但要注意不能长期大面积使用，以免引起不良反应，像皮肤萎缩等。不过儿童使用这类药物更需谨慎，一般不建议低龄儿童使用。消炎痛栓：具有消炎、止痛的作用，直肠给药，能缓解肛窦炎引起的局部疼痛等症状。使用时同样要注意正确的用药方法和可能出现的不良反应，如胃肠道不适等。在治疗肛窦炎用药时，还需要注意保持肛门清洁，每次排便后用温水清洗肛门，避免辛辣刺激性食物，多吃蔬菜水果，保持大便通畅。如果肛窦炎反复发作或病情较重，可能需要进一步的治疗，如手术等，所以一旦发现肛窦炎，应及时就医，在医生的指导下合理用药。